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    ChIP實驗全流程深度由普拉特澤生物分子檢測平臺總結分享，分子檢測平臺為廣大科研實驗人員提供ChIP實驗外包，先一起來學習從樣本制備到結果驗證的全流程

一、ChIP實驗概述與原理

染色質免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白質與DNA相互作用的關鍵技術，廣泛應用于轉錄因子結合位點、組蛋白修飾等表觀遺傳學研究領域。

核心原理：通過特異性抗體富集與目標蛋白結合的DNA片段，結合高通量測序(ChIP-seq)或qPCR分析，精確定位蛋白-DNA相互作用位點。

圖1

二、樣本制備關鍵步驟與優化策略

2.1 細胞培養與處理

細胞狀態控制：確保細胞處于最佳生長狀態(對數生長期)

交聯條件優化：1%甲醛室溫交聯10-15分鐘(根據細胞類型調整)

終止反應：使用終濃度0.125M甘氨酸終止交聯

2.2 染色質片段化技術

超聲破碎參數：

Bioruptor?推薦條件：30秒ON/30秒OFF，15-20個循環(4°C)

片段大小目標：200-500bp(需電泳驗證)

酶解法(Micrococcal Nuclease)替代方案：適用于組蛋白修飾研究

2.3 質量控制要點

片段大小檢測：1.5%瓊脂糖凝膠電泳

濃度測定：Nanodrop或Qubit定量(建議≥50μg/反應)

三、免疫沉淀核心操作技巧

3.1 抗體選擇標準

驗證過的ChIP級抗體優先(查閱CST或Abcam數據庫)

陰性對照：同型IgG對照

陽性對照：H3K4me3(活躍啟動子標記)或H3K27me3(抑制性標記)

3.2 磁珠預處理

Protein A/G磁珠比例：根據抗體亞型優化(通常1:1混合)

封閉步驟：0.5% BSA+0.2mg/ml鮭魚精DNA預處理1小時

3.3 結合條件優化

孵育時間：4°C過夜(12-16小時)

洗滌緩沖液配方：

低鹽：20mM Tris-HCl(pH8.0), 150mM NaCl

高鹽：20mM Tris-HCl(pH8.0), 500mM NaCl

圖2

四、DNA純化與質量檢測

4.1 解交聯條件

65°C水浴6小時(含5M NaCl和10mg/ml蛋白酶K)

4.2 純化方法選擇

酚-氯仿抽提法：回收率高但操作復雜

硅膠柱純化法：推薦使用QIAquick PCR Purification Kit

4.3 質量評估指標

濃度要求：≥1ng/μL(ChIP-seq)

完整性檢測：Agilent 2100 Bioanalyzer(避免RNA污染)

五、下游分析技術選擇

5.1 ChIP-qPCR驗證

引物設計原則：

長度18-22bp，Tm值60±2°C

擴增片段80-150bp

數據分析方法：ΔΔCt法計算富集倍數

5.2 ChIP-seq文庫構建

末端修復：T4 DNA聚合酶/Klenow片段混合系統

接頭連接：推薦使用NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit

六、常見問題解決方案

6.1 低信號處理策略

抗體滴定實驗：測試1-10μg抗體用量

增加起始材料：建議≥1×10^7細胞/反應

6.2 高背景解決方案

增加洗滌嚴格度：加入0.1% SDS或LiCl洗滌

DNase處理磁珠：去除非特異性DNA結合

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