ChIP 實驗中染色質免疫共沉淀的關鍵要點，新手少走彎路
2025-07-18 17:51:48
來源/作者：普拉特澤-生物醫學整體課題外包平臺
ChIP 實驗中染色質免疫共沉淀的關鍵要點由普拉特澤生物分子實驗平臺為大家總結分享。普拉特澤生物為廣大科研人員提供長期穩定的ChIP實驗服務，本文給大家分享咱們技術長期總結下來的ChIP實驗的8個關鍵控制點，幫助新手少走彎路，獲得可重復的高質量數據。
甲醛濃度：1%甲醛（哺乳動物細胞）vs 1.5%（植物/真菌）
交聯時間：10-15分鐘（過長會導致抗原表位遮蔽）
關鍵技巧：加入終濃度125mM甘氨酸淬滅反應
超聲破碎：
目標片段大小：200-500bp（轉錄因子ChIP）或500-1000bp（組蛋白修飾）
必須驗證：通過2%瓊脂糖凝膠確認片段分布
酶解法替代方案：Micrococcal Nuclease（MNase）更適合核小體定位研究
必做對照：
Western Blot驗證特異性
敲除/敲低細胞陰性對照
使用商業已驗證抗體（推薦Abcam#ab1791等ChIP級抗體）
(2) 濃度優化矩陣實驗
建議梯度測試：
3. 免疫沉淀：容易被忽視的細節
(1) 磁珠預處理
? Dynabeads蛋白G使用流程：
1. PBS洗滌3次
2. 用0.5%BSA封閉30分鐘
3. 抗體結合時保持4℃旋轉孵育（6小時最佳）
(2) 洗滌緩沖液配方升級
? 低嚴格度洗滌：RIPA緩沖液（150mM NaCl）
? 高嚴格度洗滌：RIPA+500mM NaCl（降低非特異結合）
? 去污劑選擇：用0.1% Sarkosyl替代Triton X-100可減少背景
4. DNA回收：數據丟失的重災區
(1) 解交聯方案對比
(2) 柱回收vs酚氯仿
? 硅膠柱回收：保留>100bp片段（推薦Qiagen MinElute）
? 酚氯仿抽提：需額外進行糖原共沉淀（回收率提高20%）
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5. 質量控制：多數實驗室缺失的步驟
(1) 實時監測指標
? 片段大小：Bioanalyzer檢測（比凝膠更精確）
? DNA得率：Qubit dsDNA HS檢測（靈敏度比Nanodrop高100倍）
? 富集效率：陽性對照位點ΔCt應≤5（vs input）
(2) 必做功能對照
? 陽性對照：GAPDH啟動子（組蛋白修飾）或已知結合位點
? 陰性對照：基因沙漠區域或使用IgG
6. 數據分析：從原始數據到發表級結果
(1) 定量方法選擇樹
(2) 必須報告的參數
? PCR效率：標準曲線斜率應在-3.1~-3.6之間
? 置信區間：至少3次獨立生物學重復
? 統計方法：Mann-Whitney U檢驗（非正態數據）
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7. 高階技巧：頂級實驗室的秘籍
(1) 交叉linking方案
? 雙交聯：先用2mM DSG處理45分鐘，再用1%甲醛（適用于難結合蛋白）
(2) 微量ChIP優化
? 1000個細胞也能做：使用MAGnify? ChIP Kit（Thermo Fisher）
(3) 自動化解決方案
? 推薦平臺：IP-Star?自動化系統（減少人為誤差）
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8. 常見問題速查表
掌握這些核心要點，你的ChIP實驗成功率將提升300%。建議收藏本指南作為實驗室標準操作手冊，并分享給經常抱怨"ChIP做不出來"的同事。記住：成功的ChIP=50%實驗設計+30%細節控制+20%數據分析！
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