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一、甲基化是什么

   甲基化是指從活性甲基化合物(如S-腺苷基甲硫氨酸)上將甲基催化轉移到其他化合物的過程。可形成各種甲基化合物，或是對某些蛋白質或核酸等進行化學修飾形成甲基化產物。在生物系統內，甲基化是經酶催化的，這種甲基化涉及重金屬修飾、基因表達的調控、蛋白質功能的調節以及核糖核酸(RNA) 加工。

   甲基化分為兩類：

1、蛋白質甲基化：一般指精氨酸或賴氨酸在蛋白質序列中的甲基化；

2、DNA甲基化：指在DNA甲基化轉移酶的作用下，在基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5’碳位共價鍵結合一個甲基基團。（包括RNA甲基化，我們這里主要講DNA甲基化）

二、甲基化檢測的幾種常見方法

1、HRM（高分辨率熔解曲線分析）

2、MSP（甲基化特異性的PCR），可以對某個特定的基因做定性分析

3、酶切法，針對總DNA的一種定性方法，不能針對某個具體的基因

4、BSP（亞硫酸氫鹽測序法），可以明確到某個特定的基因、特定的區域、特定的CG位點。這也是比較推薦的金標準。

我們今天主要講后三種方法。

三、甲基化檢測的幾種方法的實驗原理

1、基于亞硫酸氫鹽修飾的甲基化檢測原理（BSP和MSP）

甲基化特異性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變；隨后設計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。通過電泳檢測MSP擴增產物，如果用針對處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段，則說明該位點存在甲基化；反之，說明被檢測的位點不存在甲基化。

亞硫酸氫鹽測序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設計BSP引物進行PCR，在擴增過程中尿嘧啶全部轉化為胸腺嘧啶，最后對PCR產物進行測序就可以判斷CpG位點是否發生甲基化，稱為BSP-直接測序法。將PCR產物克隆至載體后進行測序，可以提高測序成功率，這種方法稱為BSP-克隆測序法。

2、酶切法實驗原理

使用兩個對甲基化敏感性不同的限制酶來分析特定位點的DNA甲基化狀態。EpiMspl和EpiHpall是具有CCGG特異性的同分異構體。當5'-CCGG-3'四核苷酸中的內部CpG甲基化時，EpiHpall的切割被阻斷， 但EpiMspl的切割不受影響。

四、甲基化檢測的幾種方法的實驗流程

1、BSP/MSP的實驗流程

2、酶切法實驗流程

五、甲基化檢測的幾種方法的優缺點總結

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