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QPCR數據分析以及作圖方法

2024-01-11 14:23:33

來源/作者:普拉特澤-生物醫學整體課題外包平臺

  大家好!今天普拉特澤生物帶大家學習的是QPCR數據分析以及作圖方法。QPCR(實時熒光定量聚合酶鏈式反應)已成為生物醫學研究中的重要工具。然而,QPCR數據分析以及作圖方法的正確運用對于實驗結果解讀至關重要。普拉特澤生物——表達檢測平臺可承接:實時熒光定量PCR、DNA甲基化檢測、Western blot 蛋白質免疫印跡、ELISA酶聯免疫吸附、SNP、支原體檢測等分子相關實驗服務,本文將詳細介紹QPCR數據分析以及作圖方法,幫助你從入門到精通。


1、QPCR數據分析:從原始數據到標準化

(1)原始數據提取:首先,你需要從實驗中獲取原始的qPCR數據,通常是以Ct值的形式。這些數據反映了不同基因在不同樣本中的表達水平。

(2)數據清洗:在數據分析之前,需要對原始數據進行清洗,剔除異常值和低質量的數據點。這一步至關重要,否則會影響后續分析的準確性。

(3)閾值設定:選擇合適的閾值是關鍵。一般來說,閾值設定在30左右比較合適,但具體要根據實驗情況和數據分布來確定。

(4)數據分析:將Ct值轉換為相對表達量。常用的方法是使用軟件(如qBase Plus)進行自動轉換,也可以手動進行計算。

(5)標準化:為了便于比較不同樣本之間的基因表達水平,需要對數據進行標準化處理。常用的標準化方法有內參基因法和2^-△△CT法。


2、QPCR數據作圖:讓數據可視化更直觀

(1)柱狀圖:展示不同基因在不同樣本中的表達量。通過柱狀圖的對比,可以直觀地看出基因表達的差異。

(2)散點圖:用于展示兩個變量之間的關系。比如可以繪制基因表達量和樣本生理指標之間的散點圖,探究它們之間的關聯。

(3)箱線圖:用于展示一組數據的分布情況。通過箱線圖可以直觀地看出數據的中位數、四分位數等統計指標。

(4)熱圖:將基因表達量以矩陣的形式進行可視化。通過顏色的深淺可以直觀地看出基因表達的差異,適用于大規模數據的展示。


3、作圖技巧揭秘

①色彩選擇:選擇對比度適中、易于辨識的顏色。同時,要注意色彩的可讀性和心理感受,避免造成誤導。

②標題和標簽:為圖表添加清晰、簡潔的標題和標簽,方便讀者理解圖表內容。

圖例:對于包含多個變量的圖表,需要添加圖例來解釋不同顏色或標記的含義。

數據來源標注:在圖表下方或合適的位置標注數據來源,增加圖表的可信度。

⑥細節處理:注意圖表中線條、形狀等元素的細節處理,提高圖表的美觀度和專業性。

4、實戰演練:QPCR數據分析與作圖的完美結合

①準備數據:整理你的QPCR實驗數據,包括Ct值、樣本信息、基因信息等。

②數據處理和標準化:按照前面的方法進行數據處理和標準化。

③數據可視化:選擇合適的圖表類型進行作圖。比如,對于比較不同基因表達量的任務,可以使用柱狀圖;對于探究基因與生理指標之間關系的問題,可以使用散點圖。

④結果解讀與展示:將作圖結果進行排版和美化,以便于論文發表或報告展示。同時,要仔細解讀圖表中的信息,挖掘其中的科學意義。


通過以上步驟,相信你已經掌握了QPCR數據分析以及作圖的精髓。現在不妨試試手頭的數據,跟著普拉特澤生物一起做實驗吧,如果您在實驗過程中遇到技術問題,或者需要實驗外包代做,可與我們技術老師聯系18570028002(微信同號)