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?實時熒光定量PCR實驗技術答疑

2022-07-28 13:55:45

來源/作者:普拉特澤-生物醫學整體課題外包平臺

    實時熒光定量PCR技術答疑由普拉特澤生物技術總結分享。實時熒光定量PCR是普拉特澤生物——表達檢測平臺的常規實驗,本文主要根據普拉特澤生物承接的所有的熒光定量PCR實驗特殊問題與進行實驗技術咨詢的同學常常提出的問題總結,分享給大家:

1實時熒光定量技術是什么?有什么用?

    實時熒光定量PCR技術(Real-time qPCR),其基本原理是在常規PCR基礎上添加熒光染料或熒光染料探針,利用熒光信號積累實時監測整個PCR過程。熒光定量PCR最大的優勢可以對初始模板進行定量,目前已廣泛應用于生命科學、醫學研究等領域。
2、CT值是什么?實驗結果沒有CT值怎么回事?

    在相對定量中,Ct值一般控制在15~25之間比較好,如果在絕對定量中,對低拷貝數的樣品,Ct值會增大,但是一般不宜超過40循環,否則定量不準確。因此,判斷Ct值出現過晚是否屬于非正常情況,需要根據具體實驗設計和目的進行。可能原因主要是:

    1)擴增效率低。引物之間或者引物和探針的比例不合適,需要進行優化;引物或探針設計不合理,需要重新設計;

    2PCR程序不合適,改用三步法進行反應,或者優化退火/延伸溫度,可以適當降低退火溫度;退火/延伸時間短(可以在推薦的時間條件下延長10s);

    3MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等。PCR各種反應成分的降解或加樣量的不足;

    4PCR產物太長。PCR產物設計超過500bp

    5)模板中存在抑制物。用高純度模板進行PCR檢測或將模板進行稀釋。

3、我的熒光定量PCR結果標準曲線線性關系不佳怎么回事?

    如果遇到標準曲線線性關系不佳)的情況,那么很有可能是以下環節存在問題:

    1)標準品稀釋或者加樣存在誤差,吸樣不準,使得標準品不呈梯度;

    2)標準品出現降解。應避免標準品反復凍融,將高濃度DNA模板分裝,保存于-20℃-80℃,不要反復凍融,現配現用;

    3)引物或探針不佳。重新設計更好更穩定的引物或探針;

    4)模板中存在抑制物。模板濃度過高,根據現有商品化熒光定量試劑盒的要求,一般模板量不超過500ng,以50~500ng為宜。

4、為什么我的陰性對照擴增有信號?

    如果陰性對照擴增有信號,首先排查各操作環節是否有不當,造成交叉污染:

    1)引物設計不夠優化。應避免引物二聚體和發夾結構的出現。

    2)引物濃度不佳。適當降低引物濃度,并注意上下游引物的濃度配比。

    3)鎂離子濃度過高。適當降低鎂離子濃度,或選擇更適合的mix試劑盒。

    4)模板有基因組的污染。RNA提取過程中避免基因組DNA的引入,或通過引物設計避免非特異性擴增。

    5)交叉污染。在所用的試劑中有交叉污染,或操作環境中有氣溶膠造成污染,建議對操作環境進行處理,或者更換新的環境、加樣器、槍頭以及所有的引物、試劑等。

5、為什么我的擴增曲線是S形的?

    如果遇到擴增曲線異常,很有可能是以下環節存在問題:

    1)模板的濃度太高或者降解;

    2)熒光染料的降解;

    3)在操作熒光定量PCR時,帶上新的一次性手套,蓋上避免任何指紋或者字跡等;

    4)液體揮發。耗材氣密性等問題引起液體蒸發,沒有很好的聚集在管子里;

    5)氣泡。操作問題如移液槍加樣引起的氣泡問題。

    好啦,表達檢測平臺常常收到的技術咨詢就是這么多啦,如果您關于熒光定量PCR還有其他的問題或者實驗需要外包歡迎給客服留言,咱們一起學習共勉~