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RNA pull-down詳細實驗步驟【pull-down實驗外包】

2022-09-21 14:39:31

來源/作者:普拉特澤-生物醫(yī)學整體課題外包平臺

  RNA pull-down實驗步驟由普拉特澤生物為大家總結(jié)分享,RNA pull-down作為研究RNA與蛋白互作的核心技術(shù),已成為研究焦點。普拉特澤生物分子檢測中心承接RNA pull-down實驗代做上百例,總結(jié)了一套自己的高效常用的RNA pull-down實驗步驟,分享給初次接觸本實驗的實操小白們,希望能幫到你哦!

  RNA pull-down其目的是檢測與RNA互作的蛋白。實驗過程簡單來說就是把感興趣的RNA進行體外轉(zhuǎn)錄,并標記(如生物素標記),再與細胞裂解液共同孵育,形成RNA-蛋白質(zhì)復合物,然后將分離得到蛋白質(zhì),通過WB 或質(zhì)譜進行驗證或鑒定。

        1磁珠準備

        1)取3 μg Biotin標記的RNA,加入適量Structure Buffer,使得RNA形成二級結(jié)構(gòu)。然后將RNA 95℃加熱2 min,冰浴3 min,室溫靜置30 min;

        2)磁珠準備:使用RIP Lysis 500 μL沖洗磁珠3次,用50 μLRIP Lysis Buffer重懸磁珠;

        3)將磁珠加入到第(1)步的RNA中,室溫孵育1h

        4)將磁珠與RNA的混合物去上清;

        5RIP Lysis Buffer沖洗3次,切記將液體沿壁加入或滴加,上下緩慢翻轉(zhuǎn)混勻。

        2、 RNA Pull down(提取總蛋白做)

        1)用500 uL RIP Lysis Buffer(使用時加入RNase抑制劑與蛋白酶抑制劑)裂解細胞,并用細胞破碎器破碎細胞,冰上裂解15 min412000 rpm離心20 min,棄沉淀,保留上清;

        2)往2.1制備的磁珠-RNA混合物中加入上述上清液,室溫孵育2 h

        3)將孵育好的磁珠-RNA-蛋白混合物棄上清,使用RIP Lysis Buffer沖洗5次,11 mL

        4)向磁珠中加入生物素洗脫液,室溫、混勻儀上洗脫15 min

        5)放入磁性分離器中,將液體轉(zhuǎn)移到新的EP管中,該液體即為洗脫產(chǎn)物;

        6)取部分洗脫產(chǎn)物于混合物中加2×SDS上樣緩沖液,95℃變性10 min,跑SDS-PAGE凝膠;剩下的產(chǎn)物可用于質(zhì)譜。

        3、SDS-PAGE與染色

        配制好膠,將準備好樣品上樣,恒流,16mA/膠,直至溴酚藍跑至膠底部,完成電泳。電泳結(jié)束后,用硝酸銀染色

        1)固定:30 min(乙醇:乙酸:水=415體積比);

        2)敏化:30 min(乙酸鈉10.2 g,硫代硫酸鈉0.471 g,乙醇45 mL,加水至150 mL);

        3)水洗4次,每次10 min

        4)銀染:30 min(硝酸銀0.375 g,加水至15 mL);

        5)水洗2次每次40s

        6)顯色:顯影至條帶清楚(碳酸鈉4.5g72 uL甲醛,加水至180 mL);

        7)終止:5 minNa2EDTA   2.19g,加水至150 mL ) 。

        好啦,那關(guān)于RNA pull-down實驗的操作步驟咱們就講完啦,沒有看懂的話可以隨時給我們留言,技術(shù)會詳細給到解答的哦;。如果您有RNA pull-down實驗外包與代做的需求,歡迎選擇普拉特澤~