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定點突變

目前,由PCR介導的定點突變相比于其他突變技術具有周期短、成功率高、不受酶切位點限制等優點,是使用最普遍的定點突變方法。

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實驗介紹

【技術原理】

DNA分子中由于發生堿基對的增添、缺失或改變進而引起基因結構的改變,稱為基因突變。定點突變 (mutagenesis)是通過PCR等方法向目的DNA片段中引入突變,包括堿基的添加、刪除、點突變等。該技術能迅速、高效地改變DNA所表達的目的蛋白的性狀及表征,是研究蛋白質結構和功能之間復雜關系的有力工具,也是研究人員在實驗室中改造、優化基因常用的一種非常有用的手段。目前,由PCR介導的定點突變相比于其他突變技術具有周期短、成功率高、不受酶切位點限制等優點,是使用最普遍的定點突變方法。


【實驗流程】

定點突變.png

案例展示


常見問題

常見問題1:質粒模板無法正常擴增

可能原因及解決方法:

(1)引物設計有誤:核對引物設計方案;

(2)擴增體系配制錯誤:重復實驗;

(3) 擴增反應條件不優化:調整Mg濃度、酶量、擴增程序;

(4)模板質粒質量偏差:長期放置、反復凍融會導致模板質粒斷裂、開環或降解,應使用新鮮制備的質粒作為模板。

 

常見問題2:平板上長不出克隆或克隆數目很少

可能原因及解決方法:

(1)感受態效率低:使用新制備或妥善凍存的感受態細胞,確保轉化效率>cfuμg。每次可設置一組轉化質粒的對照實驗,以檢測感受態細胞的轉化效率;

(2)重組反應體系中DNA量不足,或者比例不佳(雙堿基突變):盡量按照推薦DNA的量配制反應體系;

(3) 重組環化反應體系中DNA不純,抑制反應:未純化DpnI消化產物加入重組反應體系內的總體積不應超過μl(反應體系體積)。嘗試對DpnI消化產物進行膠回收純化;

(4)感受態細胞中加入了過多的反應產物:反應產物的轉化體積不應超過感受態細胞體積的,否則會降低轉化效率;

(5)出現轉化抑制效應:當轉化的DNA濃度太高時,會抑制轉化反應。將重組反應產物稀釋倍后取進行轉化。

 

常見問題3:定點突變未正確完成

可能原因及解決方法:

(1)引物設計錯誤:核對引物設計方案;

(2)擴增反應所用模板為非甲基化的質粒:DpnI只能識別甲基化DNA,請務必使用從甲基化酶無缺陷的宿主菌中擴增的質粒作為PCR模板;

(3)擴增反應使用過多的模板質粒:對于大多數質粒,ng模板量已足以使擴增反應正常進行,過多的質粒模板將會導致DpnI消化不完全,降低突變成功率。

 

常見問題4:非目標位點突變

可能原因及解決方法:

(1)模板質粒攜帶未知位點突變:測序確認模板質粒序列正確性。

(2)擴增循環數過多:為了防止擴增過程中引入非目標突變,擴增循環數不宜超過30。如果擴增效率良好的話,推薦擴增循環數應不超過35。

送檢與交付標準

樣品類型樣品需求保存條件運輸條件備注
動物組織單個樣品>0.1g,2mlEP管或凍存管裝,不要過量;樣本應盡量新鮮,如不能立即提取蛋白或核酸,應液氮速凍后凍存于-80℃或更低,凍存樣本避免反復凍融以致降解-80℃干冰所有樣本均須有唯一標記,且標記清晰可識
種子樣本去殼新鮮或保存于液氮中的的種子樣本,單個樣品>0.2g。-80℃干冰
貼壁/懸浮細胞

1. 總RNA或蛋白:106cell/指標、漿/核RNA或蛋白:107cell/指標、線粒體RNA或蛋白:2*107     cell/指標,樣本盡量新鮮,細胞收取后直接加Trizol(QPCR檢測)或直接凍存于-80℃       

2. 若細胞處理(加藥、轉染、感染)后狀態差應酌情加大收樣量

-80℃干冰
全血/血清樣品用抗凝管保存的外周血 5~10ml,骨髓 1~3ml; -80℃保存不超半周的白細胞勻漿>400μl,每 400μl 加入 400μl Trizol。-80℃干冰
石蠟包埋樣品由標準的石蠟包埋盒包埋的石蠟塊,有效厚度大于 0.1cm; 新鮮的 FFPE 組織切片,每片厚度不超過 10μm,2~8 張,表面積不超過 250mm2。-20℃冰袋
抗體

1. 按樣本種屬提供滿足相應實驗要求的抗體;

2. 按抗體說明書要求寄送,盡量避免分裝;如分裝,確保量足夠進行實驗,并提供抗體說明書。

3.保存抗體的抗體管上應有能夠識別此抗體的標記,抗體的量應大于實驗所需的量。

-20℃冰袋
引物干粉,≥1OD,如進行預實驗,每個基因至少提供兩對引物, 附帶公司引物合成單。-20℃冰袋或常溫




細胞交付標準.jpg